DESCRIZIONE
In quanto filtratori, i molluschi bivalvi commestibili accumulano nei tessuti, Vibrio e Arcobacter, questi sono considerati patogeni emergenti di origine alimentare. Di conseguenza, un aspetto chiave per garantire la sicurezza alimentare nei prodotti a base di molluschi, è la valutazione accurata delle comunità di Vibrio e Arcobacter residenti nei molluschi. Il presente progetto è volto a indagare i cambiamenti nella composizione naturale della comunità microbica nel microbiota dei Ruditapes philippinarum con un focus specifico sulle specie patogene umane.
Il progetto sarà suddiviso in due principali attività : 1) Uno studio retrospettivo sulle popolazioni di Vibrio e Arcobacter provenienti da siti di produzione diversi. 2) Una sperimentazione sulla colonizzazione di Vibrio all'interno di un vero e proprio impianto di depurazione. Il fine di questo approfondimento è che la prima attività indagherà sulla dinamica delle comunità di Vibrio/Arcobacter all'interno di campioni di origine diversa (prima e dopo la depurazione). Verrà inoltre esplorata la colonizzazione degli impianti di depurazione da parte delle specie di Vibrio all’interno di un modello di depurazione sperimentale.
Attività 1. Al fine di definire l'intera comunità di Vibrio a livello di ceppo, e degli Arcobacter a livello di specie, verrà applicato un approccio “shotgun” alla metagenomica su campioni di diversa origine. Per gli Arcobacters, l’attività del progetto consisterà invece, di una caratterizzazione genetica più approfondita dei ceppi isolati dalle vongole.
2. Questa attività ha lo scopo di valutare la comunità microbica all'interno dei Biofilm sulle superfici dell'impianto di depurazione e il loro contributo al mantenimento dei Vibrio in questo ambiente. Uno degli obiettivi principali di questa attività è anche la definizione di diversi fattori (co-depurazione e biofilm) nella diffusione e nel mantenimento delle comunità di Vibrio all'interno di un impianto di depurazione.